الکتروفورز مویینه یک روش آنالیز است که با اعمال میدان الکتریکی یونها بر اساس سرعت مهاجرتشان در یک لوله مویین جداسازی میشوند. سرعت مهاجرت وابسته به بار مولکول، ویسکوزیته و شعاع اتم است. بهطور معمول یک سیستم الکتروفورز مویینه متشکل از منبع تأمین ولتاژ بالا، سیستم تزریق نمونه، لوله مویین از جنس سیلیکا پوششدادهشده با پلیآمید، سیستم کنترل دما و آشکارساز است. هر سوی منبع ولتاژ به یک الکترود متصل میشود. این الکترودها با ایجاد میدان الکتریکی به شروع حرکت نمونه از آند بهسمت کاتد در لوله مویین کمک میکنند. هر سوی لوله مویین در یک ویال متشکل از الکترود و محلول الکترولیت یا بافر غوطهور است. فرایند جداسازی با جایگذاری ویال نمونه بهجای یکی از ویالهای بافر (معمولاً آند) و اعمال میدان الکتریکی شروع میشود. آشکارسازی معمولاً بهواسطه یک پنجره کوچک در انتهای لوله مویین نزدیک کاتد با عبور نور مرئی – فرابنفش از نمونه و اندازهگیری میزان جذب انجام میشود.